关键有效实验性中九价HPV疫苗相比起四价HPV疫苗接种部位不良事件的报告率高,包括接种部位肿胀、疼痛和红疹。但两组中出现的接种部位疼痛大部分都是轻中度,大部分接种部位的肿胀和红疹面积较小(≤1英寸)。发生频率较高的(发生率≥2%)疫苗相关系统性不良反应分别为为头痛(九价HPV疫苗vs.四价HPV疫苗, 14.6% vs. 13.7%,下同)、发热(5.0% vs. 4.3%)、恶心(4.4% vs. 3.7%)、头晕(3.0% vs. 2.8%)和乏力(2.3% vs. 2.1%)。安全性评价总体上来说九价HPV疫苗与四价HPV疫苗基本一致,只有接种部位肿胀在九价HPV疫苗发生率略高。